Tras el triunfo del Frente Popular en las elecciones del 16 de febrero de 1936 Companys fue liberado junto al resto de presos políticos, y devuelto a su cargo de President de la Generalitat, cuyo Estatut entró de nuevo en vigor. En previsión de un posible golpe militar que ya se adivinaba en el horizonte. Companys nombró al capitán Frederic Escofet como Comisario General de Orden Público de Cataluña. 

Despues del alzamieto Nacional del 18 julio 1936, Companys siguió encabezando el gobierno catalán y la lucha contra Franco, Mola y su banda haciendo lo posible por organizar la defensa de Catalunya y aunque con continuos enfrentamientos con el gobierno central encabezado por el doctor Negrín, pues el President consideraba que Catalunya no estaba recibiendo un trato justo. 

 El fracaso franquista del golpe de estado del 18 de julio 1936 en Barcelona, donde se alzó el general Goded y fue derrotado con un ejército bien armado por el pueblo catalán, y la toma virtual y parcial del poder en Catalunya que estaba entre los planes de Franco, quedaron truncados. Companys hizo todo lo humanamente posible para mitigar los efectos de la violencia desatada en la retaguardia republicana. El 11 de septiembre de 1936, La Vanguardia recogía un titular de unas declaraciones suyas “el President condena los actos de terrorismo y no los va tolerar” y “hay que terminar con los actos que se cometen al margen de la Justicia”. El “paseo” era una lacra de algunas organizaciones anarquistas y fue combatido sin tregua por los nacionalistas catalanes. 

Las instituciones del estado quedaban disminuidas por la accion violenta y ciega de ciertas organizaciones políticas y sindicales que ralentizaban la lucha contra los sublevados. El consejo del gobierno inglés y de sus simpatizantes dentro de éste aconsejaban al entonces presidente socialista Indalecio Prieto que se deshiciera de su ministro Negrin, y de la influencia de sus amigos comunistas. A principios de 1937, un agente de éste dijo que su embajador en Paris, Ossorio y Gallardo, estaba manipulando para poner fin a la guerra con un pacto con Franco, a lo que los ingleses se oponían. Estaba claro que Hitler y Mussolini seguirían sus planes expansionistas. Y que Francia, quedaría tragada por el poderío de Hitler para alegría de sus masas fascistas. A Inglaterra no le quedaba otro remedio que luchar sola.Y todo eso ocurrió, con la sorpresa de que la infranqueable Linea Maginot de los mariscales francesas fue atravesada como si fuera de papel y Alemania la ocupó, un paseo militar de Hitler al que llamó blietz.krieg. Y para los españoles que huian de la barbarie de Franco sin la más minima ayuda de Francia, ni de Europa, no tuvieron más remedio que buscar asilo en una Francia hostil, aliada virtual de Franco.

 La gestión del primer ministro español Negrin en el plano militar y en el humano fue un rosario de fracasos, Brunete, Belchite, Teruel, Tortosa y Vinaroz fueron el ejemplo de que las milicias fallaban y en esa vorágine el president Companys hacía todo para enmendar esa política y luchar para salvar a su pueblo y miles y  mles de refugiados y víctimas de los excesos del franquismo, vestido con camisa azul.. Atrincherado en Barcelona, dejando la mano abierto a los comunistas, Negrin siguió afirmando su conviccion de una victoria segura y hasta Zugazagoitia, luego fusilado por Franco, cercano a Negrin como su ministro del interior, no  se oponía abiertamente a éste. Pero la pugna de la Generalitat con el Comité Central de Milicias Antifascistas hizo un daño enorme a la república y facilitó el avance de los alzados, ayudados desde el comienzo por la aviación y material alemán. La violencia se adueñaba de los Milicias Antifascistas y Companys era el único freno a la Falange porque el timorato socialista Prieto era un títere a su lado y los comunistas de Negrin se aprovechaban.

Companys fue una pieza fundamental en favor de la iibertad y derechos fundamentales de muchas personas, dado el cargo de president de la Generalitat que ocupaba, en una tarea que involucraba a miles de personas, y cuyos rostros más visibles fueron los consejeros Ventura Gassol y Josep Maria Espanya, el presidente del Parlamento de Cataluña, Joan Casanovas, y el rector de la Universidad de Barcelona, Pedro Bosch Gimpera. Muchos de ellos habían intentado frenar a ciertos líderes más o menos tibios y fueron hechos prisioneros por los sindicalistas. Companys hizo milagros y equilibrios en la cuerda floja contra los “incontrolados”, -entre FAI y POUM- y logró poner en libertad a 9206 personas (incluyendo entre ellos al cardenal y arzobispo de Tarragona Vidal y Barraquer capturado por milicianos de la FAI y salvado in extremis de ser asesinado), sus amigos detenidos y otros muchos presos sólo porque no habían apoyado a la República el 18 de Julio. Los presos de los narcos retenidos o detenidos en el barco-prisión “Uruguay”, cuya suerte final era incierta salieron libres hacía puertos del Mediterraneo, por la acción de Companys. Muchas familias de los liberados agradecieron siempre al President aquel arriesgado gesto de lograr poner en libertad a casi 10.000 posibles ejecutados. Los liberados se fueron hacia Marsella y Génova, la mitad de ellos durante 1936, utilizando pasaportes, visados y salvoconductos, muchas veces falsificados, que les habá conseguido "como fuera" la Generalitat de Cataluña.

 Después en su calidad de president, Companys firmó con el delegado del Comité Internacional de la Cruz Roja un convenio que preveía que cualquier persona, que no tuviera algun cargo de tipo penal, pudiese abandonar la libremente la zona roja o azul de España en la que se encontraba. A pesar de que humanistas ilustres de Europa apoyaron el Plan Companys del Comité Internacional de la Cruz Roja, Franco se negó en redondo a firmarlo repitiendo la orden del general Mola a sus mandos: “Recuerden que esta es una guerra de extermino” y la excusa personal de Franco frente los líderes de la Cruz Roja fue: “Con los asesinos ateos rojos nada, una Cruzada nacional salvadora del cristianismo en España no se puede ni oir semejante compromiso”.Y no hubo tregua posible en Cataluña, y los sublevados estaban convencidos que Companys era tan rojo como los otros, porque en las jornadas de lucha contra el ejército golpista de Goded que siguieron al 18 de julio en Barcelona, todas la fuerzas vivas favorables a regimen legal de la república- - resistieron contra los sublevados y les vencieron. La Generalitat se destacó. 

Durante toda la guerra Companys encabezó el Gobierno de Catalunya tratando de mantener la frágil unidad entre los partidos y sindicatos que le apoyaban. Uno de sus mayores logros fue precisamente la disolución del Comité Central de Milicias, operación que había intentado con Casanovas mediante la formación de un gobierno de la Generalitat en el que figuraran todos los partidos obreros y sindicatos. Lo presidía Tarradellas. Esquerra tenía las carteras de Finanzas, Interior y Cultura, los Rabassaires de Agricultura, el PSUC la de Trabajo y Servicios Públicos. Los revolucionarios ocupaban importantes puestos en Economía, Salud, Abastecimiento y Ossorio dijo después, “Companys fue el primero en comprender que abandonar a su suerte el derecho de los trabajadores no tenía futuro y el President llegó con habilidad a disminuir su fuerza reconstituyendo los organismos legítimos del poder, transfiriendo la acción a los consejeros, reduciendo los organismos obreros a un papel de auxiliares eficaces, ayudantes, ejecutantes. Se fue restableciendo una situación normal del caos que habían sido los primeros días. Santillán escribía “después de muchos meses de lucha, incidentes y violencia con el poder central y contra la independencia mal orientada y sin sentido contra un gobierno centralista, los sindicalistas se interesaban ahora por fin en la victoria republicana de aquella guerra.

 La formación de un nuevo Consejo de la Generalitat supuso el abandono de los organismos de poder revolucionario.  Ahora el Comité Central se había anexado al departamento de la guerra que dirigía el Coronel Diaz Sandino y los anarquistas hasta la aceptaron de su cohabitacion “con instituciones de tipo burgués”. El Ministro de Justicia Manuel Irujo respaldaba a Companys siempre que podía, desde Madrid con la autoridad que el gobierno central le permitía y más. Esto fue muy difícil por las tensiones y violencia de y entre comunistas y socialistas agrupados en el Partido Socialista Unificado de Cataluña con los anarquistas de la Confederación Nacional del Trabajo, encabezados estos últimos por el POUM. A partir de lo que quedaba de 1937 se sucedieron sus enfrentamientos personales de Companys con el Gobierno central de Juan Negrín, instalado desde temprano en Barcelona, cuando el gobierno republicano se había trasladado a Valencia. En Madrid el general Miaja,   los internacionales y el pueblo resistían y se defendían a pesar de los bombardeos alemanes y de la quinta columna falangista y cedista que hacía barbaridades en la ciudad sitiada. Pero el !No pasarán! era mucho más que un slogan. 

 En abril de 1938, tras la ocupación de Lérida, Companys escribió e hizo pública una histórica carta abierta al presidente del Gobierno español, Negrin quejándose amargamente de las arbitrariedades e inhumanidades que había cometido y seguía cometiendo con la población catalana y de la marginación que sufrió la Generalitat durante casi toda la guerra por parte de los incontrolados.. Casi al mismo tiempo, la nueva administración del Alzamiento Nacional acordaba, mediante una ley promulgada en Burgos el 5 de abril, con las firmas del ministro del Interior Ramón Serrano Súñer y del general Franco, la derogación oficial y definitiva del estatuto de Cataluña.

En la batalla del Ebro, vital para Cataluña, la primera victoria fue republicana, cuando la 42ª División del ejército del Ebro logró hacia finales de Julio 1938 cruzarlo entre Gandesa y  Corbera(89.000 hombres), sin cañones ni material pesado y en frágiles lanchas. Con la mortífera ayuda de la aviación de Hitler y Mussolini, Franco trataba de entrar en Cataluña, y el primer cruce del Ebro y el avance conseguido hasta los montes de Fatarella retrasaron cualquier intento franquista de penetración. La ofensiva sobre Cataluña comenzó el 3 de enero 1938, las tropas franquistas lograron cruzar el Ebro en otra dirección hacia el norte. Es curioso que en esa crucial campaña, que se llamó Batalla del Ebro, las miicias republicanas aguantaron hasta el mes de septiembre. Franco lanzó siete Divisiones incluidas las comandadas por los generales Alonso Vega, Castejón, Barrón, Rada, Arias y todos sus tabores marroquíes, apoyados por 200 aviones de bombardeo y 120 cazas, italianos y alemanes con el aspa de la aviación española en la cola. “Fue la batalla de la pobreza contra la riqueza”-, según el general Vicente Rojo. 

 En el Verdún español, hubo 100.000 bajas y como se estaba en Europa discutiendo el  tratado de Munich, las grandes potencias  inclinaron sus balanzas a favor de Franco, con la “No Intervención”, la gran mentira de los países poderosos para rendir la republica que era el principio el fin para la democracia y la luz verde para franco y Hitler. De inmediato Checoslovaquia dejó de existir bajo los Panzer germanos. Y muchos pueblos hambrientos huían hacia Francia y norte de Africa. Las tropas republicanas se batían en retirada, sin reservas ni material. No lograron establecer ninguna línea de resistencia sólida que intentaba el general Vicente Rojo para evitar la ofensiva contra Cataluña, y desorientó a los mandos de las Brigadas Internacionales.

Companys siguió encabezando el gobierno catalán durante la guerra, haciendo lo posible por organizar la defensa de Catalunya y teniendo continuos enfrentamientos con el gobierno republicano encabezado por el doctor Negrín, pues consideraba que Catalunya no estaba recibiendo un trato siquiera humano 

En su calidad de presidente, Companys firmó con el delegado del Comité Internacional de la Cruz Roja un convenio que preveía que cualquier persona pudiese abandonar la libremente la zona de España en la que se encontraba, el cual no fructificó al negarse Franco a firmarlo sin pronunciar la frase de Mola a sus mandos “Recuerden que esta es una guerra de extermino” y la excusa de Franco frente a la Cruz Roja fue “Con los asesinos rojos la Cruzada no trata”.Y no hubo tregua posible, porque los sublevados estaban convencidos que Companys era un rojo como los otros

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Durante toda la guerra Companys encabezó el Gobierno de Cataluña tratando de mantener la frágil unidad entre los partidos y sindicatos que le apoyaban. Uno de sus mayores logros fue precisamente la disolución del Comité Central de Milicias, operación que había intentado con Casanovas: la formación de un gobierno de la Generalitat en el que figuraran todos los partidos obreros y sindicatos. Lo presidía Trradellas. Esquerra tenía las certeras de Finanzas, Interior y Cultura, los Rabassaires de Agricultura, el PSUC de Trabajo y Servicios Públicos. Los revolucionarios ocupaban importantes puestos en Economía, Salud, Abastecimiento Ossorio dijo después, “Companys fue el primero en comprender que abandonar a su suerte el derecho de los trbajadores no tenía futuro y llegó con habilidad a reducir el poder reconstituyendo los organismos legítimos del poder, transfiriendo la acción a los consejeros, reduciendo los organismos obreros a u papel de auxiliares eficaces, ayudantes, ejecutantes. Se fue restableciendo una situación normal del caos que había sido. Santillán escribía “después de muchos meses de lucha, incidentes y violencia con el poder central y contra la independencia mal orientada y sin sentido contra un gobierno centralista, los sindicalistas se interesaban ahora por fin en la victoria de aquella guerra. La formaciónde un nuevo Consejo de la Generalitat implicó al abandono de los organismos de poder revolucionario.  Ahora el Comité Central se había anexado al departamento de la guerra que dirigía el Coronel Diaz Sandino y los anarquistas aceptaron su    cohabitacion “con instituciones de tipo burgués”. 

 En abril de 1938, tras la ocupación de Lérida, Companys escribió e hizo pública una histórica carta abierta al presidente del Gobierno español, Negrin quejándose amargamente de las arbitrariedades e inhumanidades que había cometido y seguía cometiendo con la población catalana y de la marginación que sufrió la Generalitat durante casi toda la guerra.. Casi al mismo tiempo, la nueva administración fascista acordaba, mediante una ley promulgada en Burgos el 5 de abril, con las firmas del ministro del Interior Ramón Serrano Súñer y del general Franco, la derogación oficial y definitiva del estatuto de Cataluña. 

Según el Servicio de Información del estado mayor republicano, en el primer semestre de 1938 solamente, la aviación italiana y alemana habían hecho 792 incursiones sobre ciudades abiertas, sobre todo Barcelona y su puerto, con intervención de 3.895 aviones que arrojaron 19.500 bombas que causaron la muerte a a 2.618 personas. Zugazagoitia se escandalizaba de la conducta del presidente Negrin y sus variaciones de carácter:pasaba de una actividad calenturienta y el lema de “resistir a toda costa” a una laxitud infinita de “todo está perdido”.Siempre bajo el ala de los comunistas. 

En el mes de mayo 1937, al asumir Negrin la presidencia del consejo de ministros republicanos, se reunificaron Defensa, Guerra y Marina bajo Prieto, las milicias cedieron paso al ejército regular que englobaba a 550.00 combatientes sobre la base de brigadas divisiones y cuerpos de ejército y so pretetexto de unificar la intervención de los organismos de exportación e importación de material de guerra se impuso la política personalista de Juan Negrin y se impulsó  el organismo “campsa Gentibus” bajo su férula era una otorgadora de créditos a los diversos ministerios del Estado español en guerra. Con sucursales en Marsella, Orán y principalmente en Paris. Se fundó ”The Mid-Atlantic ShipingCº”, organismo gubernamental con sede en Londres, controlado casi personalmente por Negrin. 

 Pero la indiferencia del gobierno republicano y su despreocupación del ejército, dejándolo a la suerte en la región o pueblo en que combatía y no sólo se fue perdiendo territorio, armamento y pueblo sino además miles de vidas en el holocausto del odio, la venganza, el nihilismo. El 1º de abril 1937 Negrin constituyó un “Servicio de Justificación” de Gastos. Como si no hubiera guerra y todo fuera un gran negocio casi de su propiedad e importaban más las compras y los fletes que la situación estrategica. La situación del abastecimiento de la oblación era catastrófica, el mercado negro (estrapelo) era la única fuente, había hambre en Cataluña. En Barcelona, un grupo de militantes hostiles a la militarzacióm regular de la antiguas milicias, se organizo como ejército aparte bajo la etiqueta “Amigos de Durruti”.  El 18 de enero 1938 se celebró un consejo de ministros en Barcelona al que también asistieron el presidente de las Cortes, Martínez Barrio y Companys, en el que se decretó el estado de guerra, por primera vez en más de dos años desde del inicio de la contienda. A petición del presidente del Consejo, Negrín, y a pesar de saber ya que la guerra estaba perdida, el 20 de enero Companys dirigió un mensaje radiofónico al pueblo catalán pidiendo una postrera resistencia o un boicot popular total a las fuerzas franquistas cuando entraran en tierra leal y especialmente en Barcelona. Al día siguiente, Negrín convocó a Companys a una reunión urgente. En ella, le comunicó que Barcelona oficialmente indefendible sería ocupada irremisiblemente y en breve por el ejército franquista. No había remedio.Que le obedeciera de una vez por todas. Por ello, le ordenaba que la Generalidat evacuara Barcelona de inmediato pero sobre todo quemara antes archivos comprometedores para la república. El día 22, Negrín ordenaba que todos los organismos estatales abandonaran Barcelona y se dirigieran a Gerona y Figueras. Este espíritu de derrota y pasividad del gobierno central destrozó a Companys que hubiera querido siquiera una retirada defensiva organizada desde arriba. Pero al día siguiente, Companys se preparó para partir. Aunque había considerado permanecer en Barcelona y esperar en su despacho a las “nuevas” autoridades, la situación era como era. No podía haber ningún gesto complaciente para los nuevos bárbaros que iban dejando una estela de sangre por las poblaciones que iocupaban. Companys salió de Barcelona a las tres de la madrugada del día 24 de enero . La noche anterior cenó con su amigo Josep Andreu i Avelló, presidente del Tribunal de Casación de Cataluña. Ambos recorrieron en coche las calles desiertas de Barcelona. Andreu narró ese último paseo nocturno en la capital de Cataluña: “Fue una noche como nunca olvidaré. El silencio era total, un silencio terrible, como sólo se advierte en el punto culminante de una calma antes de la tempestad, de la  tragedia. Fuimos a la plaza de Sant Jaume y nos despedimos de la Generalidat y de la ciudad. Eran las dos de la madrugada. La vanguardia del “ejército nacional” estaba ya en el Tibidabo y cerca de Montjuïc. No creíamos que volviésemos a verlo otra vez jamás” 

El día 26, la vanguardia franquista tomó Barcelona. Decenas de miles de refugiados se dirigían en desordenada caravana, junto a tropas republicanas en retirada, a la frontera. Tras pasar por Sant Hilari Sacalm y Darnius, acompañado por los consejeros Tarradellas, Sbert y Pi i Sunyer, así como por Andreu i Abelló, Companys llegó el 30 de enero a la mas Perxés en Agullana, apenas a cinco kilómetros de la frontera por una carretera de montaña (evitando la aglomeración de refugiados en La Junquera). Había llegado el exilio y el 4 de febrero por la mañana. Salía el señor president de Catalunya   Lluis Companys por el monte, camino de ningún sitio. Se encontró con el lehendakari de Euskadi José Antonio de Aguirre, quien le había prometido que en las últimas horas de su país le tendría a su lado, y cumplía su palabra de no dejarle solo en su hora más amarga. José Antonio de Aguirre, había tenido que desplazarse desde París a Barcelona para organizar la evacuación de las oficinas del Gobierno de Euskadi tenía en Barcelona y  recordaba la promesa de acompañar a Companys al llegar al exilio y ver si podía ayudarle a encontrar en Francia algún refugio seguro.. El 5 de febrero abandonaron el país Azaña y Martínez Barrio, acompañados por Negrín

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Inicialmente se había acordado que los cinco presidentes partieran al mismo tiempo, pero finalmente Azaña y Negrín se adelantaron. Horas después les siguió una comitiva formada por Companys, Aguirre, altos cargos de la Generalidat y del Gobierno Vasco. Un grupo de exmiembros de los Mossos  se habían ofrecido voluntarios para ir detrás y potegerlos en caso necesario.. En el Km 8 de Agullana hacia La Bajol se desviaron escoltados por el comandante Escofet y sus hombres por un camino de cabras ascendiendo el collado de Lli y luego descendieron hacia Les Illes. En el descenso se cruzaron con Negrín que regresaba a España después de acompañar a Azaña a Francia  

Aguirre, rememoró después en sus escritos: “Pocas personas han conocido de cerca como yo, los momentos de desilusión y desventura por los que atravesaba Companys, que es cuando se descubre a los hombres tal como son...Aquel hombre estaba sumido en una profunda derrota pero la soportaba con una serenidad salida de unas reservas que físicamente no tenía...yo le animaba diciendo que los pueblos no mueren como los hombres y que llegaría la hora de nuestro triunfo”...Juntos siempre juntos, catalanes… y vascos y Companys le recordaba con detalle, el XII Cuerpo de Ejército del Ebro, formado y comandado por catalanes y vascos…con tres Divisiones de tres Brigadas cada una y una de ellas, la 140 Mixta.

“…no es esa- la historia pasada- sin embargo... la principal preocupación que ocupa mi mente son esos miles de compatriotas mios que huyen en largas filas  en un país extraño bajo el fuego de la aviación de Hitler sin amparo y con hambre y maltratados en las fronteras. Y toda mi alma no se ha apartado de mi hijo enfermo en la cama de un hospital extraño”. Companys confió a Aguirre que había reunido un dinero para atender al chico en un sanatorio de Bélgica  ...”y hago cuentas y veo mis ahorros no llegan al equivalente a 2.000 mil dólares y no me importa morir de hambre si es preciso, pero mi hijo no, no debe morir. Si me matan será bueno para mi…pero ¿qué será de mi hijo entonces…?” 

Su hijo Luiset evidenció durante su niñez síntomas de esquizofrenia que se agravaron y complicaron con una tuberculosis ósea y síntomas de atques cerebrales. La enfermedad de Luiset hoy calificada como “rara” e incurable, necesitaría cuidados especiales. Fue siempre fuente de máxima preocupación para Companys y determinó su destino al no poder ocultarse porque el enemigo tendría al niño siempre como referencia o como rehén. 

Tras despedirse de Aguirre, en la frontera belga con un “¡hasta pronto!” y un estrecho abrazo, Companys se trasladó a París, donde ya se encontraba su esposa, Carme Ballester, a quien recogió y fueron a ver a su hijo, y luego volvieron a París y se instalaron en el Boulevard de la Seine cerca de la modesta representación que la Generalitat había establecido en la Rue Pepinière 

Aguirre llevó el tema a la primera minireunión del gobierno vasco en París, que, perseguido también tenía que evacuar de inmediato, y  acordaron ayudar en lo económico y asesorar a Companys en los dificiles momentos que estaba atravesando en Francia o Bélgica y procurar que el President tuviera siempre a su lado a alguien amigo.

Con las palabras de Pau, Justicia y Amor, cayó pisando tierra catalana, descalzo, LLuis Companys, fusilado en el castillo de Montjuic el 15 octubre de 1940

La marcha hacia el exilio de Companys y el lehendakari Aguirre en busca de un refugio o escodite en algún lugar de Europa, constituyen un capítulo importante de la Memoria Histórica.Tanto la Generalidat como el exilio catalán atravesaron enormes dificultades económicas pues el gobierno catalán, presionado por una decreto ministerial de Negrín, tuvo que entregar todos sus fondos de tesorería al gobierno central de la II República. Ello lo realizó el consejero de Hacienda Josep Tarradellas el 2 de febrero antes de cruzar la frontera. Al no tener recursos propios, el gobierno catalán se veía supeditado a la ayuda económica republicana del SERE presidido por Negrín o de la JARE de Prieto. Eran dos fondos oficiales. Una canallada más de Negrin,   para controlar a Companys y la Generlatitat. En el collado de Lli, entre La Vajol y Las Illas (Francia), hay una placa conmemorativa del paso de los cuatro presidentes (Azaña, Martínez Barrio, Companys y Aguirre).

Su situación aún exilado con su familia distaba de ser agradable. Companys se había convertido en el blanco de las críticas por parte de muchos sectores del catalanismo (tambien de los que se exiliaron tras la derrota como de muchos que llegaron a Francia después). A Companys le hacían responsable de no haber hecho frente a los revolucionarios que tomaron virtualmente el poder en Catalunya tras el triunfo republicano en el golpe de  Franco el 18 de julio y los primeros meses, sobre de la sublevacióndel general Goded en Barcelona, de haber permitido hacer a los sindicalistas y, por tanto, de forma indirecta, de ser corresponsable de la violencia revolucionaria y de la mala imagen que habían proyectado en el exterior de éstos con su violencia. También se le achacaba no haber podido mantener su papel como president y lider de su partido como primera fuerza dominante en Cataluña y de haberse convertido en compañero de viaje primero de los anarquistas y luego de los comunistas, considerándolo poco catalanista y más asociado al republicanismo español. Así como lo culpában de haber paralizado el proceso de recuperación política y cultural catalanes iniciado con la Renaixenca. Companys confesó a Rafael Tasis que le preocupaba la actitud de esas críticas injustas.

En marzo de 1939, una de sus primeras decisiones en el exilio fue formar la Fundación Ramón Llull para proteger la lengua y la cultura catalana Fue dirigida por prestigiosos exiliados catalanes como Pompeu Fabra, con Pablo Picasso como presidente de honor de la sección de artes plásticas. 

Al inicio de la Segunda Guerra Mundial, el único órgano político representativo de Cataluña y su único símbolo era la Presidencia de la Generalidat pues el gobierno catalán se había disuelto y el parlamento no se podía reunir al estar dispersos sus diputados. Con el catalanismo dividido y las autoridades francesas imponiendo restricciones a cualquier actividad política, Companys decidió constituir el Consejo Nacional de Cataluña. Debía ser un organismo nacional representativo en el exilio. Consultados las personalidades más relevantes, estos propusieron que no participase ningún político que hubiese tenido un cargo oficial en Cataluña y que Companys renunciara a la Presidencia de la Generalidat. Companys optó por una vía intermedia constituyendo un Consell con cinco personalidades culturales. Pero este organismo no tuvo transcendencia pues tres meses después Companys fue detenido, tras saber que la Gestapo le buscaba 

Por eso Companys abandonó París en junio de 1939. Gracias a las gestiones de Joan Casanelles, antiguo diputado y amigo suyo, el president y su esposa se establecieron muy discretamente en la localidad bretona de La Baule-les-Pins (Loire-Atlantique). Desde allí se desplazaba con frecuencia a París, tanto para visitar a su hijo Luiset en un hospital de Paris como seguir los mucho asuntos gestionados en la oficina parisina de la Generalitat que funcionaba de ”estrangis”.. En mayo su hija Maria, junto con su marido, Hèctor Gally, partieron hacia México. A pesar de los ruegos de su hija de llevarle con ellos, Companys decidió quedarse en Francia para no abandonar a Luiset. Con la derrota francesa-la blitz-krieg- ante la Alemania nazi y la firma de la capitulación, el matrimonio Companys quedaba en la zona ocupada por los alemanes. Nada más instalado en París bajo el “amparo” de Hitler y la venia del jefe del gobierno de Vichy, mariscal Petain, el embajador español en Francia, José Félix de Lequerica, solicitó a las nuevas autoridades franco-alemanas que todas las organizaciones de exiliados españoles e instituciones políticas fueran disueltas y sus bienes y documentos incautados. Con la colaboración de las autoridades alemanas, el personal de la embajada franquista requisó el patrimonio de dichas organizaciones y se incautó de sus documentos importantes que fueron enviados a Berlin para su examen. Ramón Serrano Súñer, ministro de la Gobernación, envió a Francia al secretario general de la Dirección General de Seguridad, con el objetivo de fichar a los ”responsables” republicanos de crímenes que aún estaban en Francia, conseguir su captura y entrega a Franco 

Gracias a la documentación incautada, el 8 de agosto las autoridades de la zona de ocupación alemana recibieron una lista con 834 nombres para su detención y entrega a las autoridades franquistas, entre los que se hallaban Aguire, Zugazagitia, Companys y otros muchos exilados.. El 13 de agosto agentes alemanes localizaron a los Companys en Bretaña y pronto fueron a  por él. 

A los 77 años de la muerte de Lluís Companys, el 13 d’abril de 1969, 48 años después, Carme Ballester dejó escritos los detalles de su detención y muerte. Redactada en primera persona, en catalán la declaración de Carme Las declaraciones de Carme Ballester constituen un testimonio único, dotado de un enorme valor. El texto evoca el momento precíso, el 13 de agosto de 1940, en que “dos hombres vestidos de civil y otros cuatro con uniforme de soldado alemán irrumpieron  en el domicilio del matrimonio Companys a La Baule(Bretaña), “los dos de civil Gestapo) sacaron dos largas pistolas y los soldados apuntaron sus metralletas a todos y a mi marido. Luego, se lanzaron de a resgistrar toda la vivienda quedando dos de ellos de vigilancia sin dejar de apuntar a LLuis y a mi. Mi marido conservaba la calma, parecía algo sorprendido.

Después de revolver toda la casa y apoderarse del poco dinero que había y de muchos papeles particulares o no y libros que se llevaron los tres civiles en un saco, los cuatro soldados se llevaron al presidente Companys y con él desaparecieron de mi vista.”.

En la misma declaración, la esposa de Companys recuerda que, a pesar de estar aterrorizada, al día siguiente salió para tratar de saber el paradero de su esposo. Se enteró de que a los detenidos franceses les llevaban para interrogarlos a Ville Caroline, y allí fue. Pidió ver al oficial de guardia, con tal insistencia, que tras muchas negativas sobre el paradero de Companys, el oficial dijo por fin que sí que Luis Companys estaba allí en un calabozo.Añadió que no se le permitiría verlo y ya cuando Carme se iba a marchar vio a varios soldados alemanes que salían llevandose justamente a su marido, para trasladarlo a otro sitio. 

Carme Ballester quiso ir corriendo hacia el grupo, pero el oficial le agarró del brazo y se lo impidió. En aquel momento ella se puso a gritar y vio como Companys sacaba un brazo y le hacía la señal como de “No” y luego movía la mano conforme se lo llevaban. Días después se presentaron los dos policías de civil y un policía español que colaraba con los alemanes- Pedro Urraca Rendueles- quien le dijo que la policía no creía que el presiente de Cataluña pudiera vivir con tanta modestia y que si no entregaban el dinero que guardaban en algún sitio y los documentos de la Generalitat, que no habían encontrado y no les facilitaba la información que exigían sus superiores, el presidente lo iba a pasar muy, muy mal. Y ella tambien

Carme se sentía mal y cayó al suelo. Pasó varios días en el Hospital de la Santé. No tenía ni fuerzas para reaccionar. Carme Ballester supo que su esposo estaba en la cárcel en Paris. El hermano de Companys, se tiro a las vías del Metro de Paris, al paso de un tren. Dias después Carma recibió una carta de Companys. Su marido le decía que le iban a trasladar a España. Que no desfalleciese. 

El 16 d’octubre de 1940, ella se enteró por la radio que el presidente Companys había sido fusilado en Montjuic. Perdió el conocimiento y fue asistida por sus vecinos bretones. Por cierto un amigo catalán le dijo que Heinrich Himmler se encontraba en Madrid asesorando a Franco en cuestiones de reorganización de las fuerzas del orden de la Falange y otros temas de sus campaña. Coincidio con una época en los medios epañoles y alemanes contra vascos y catalanes. El pesidente Aguirre se escondio en un convento belga y luego pensó que su mejor escondite podía estar “a la sombra del candelabro” y se fue a Alemania, donde le ayudó un diplomático sudamericno para pasar a Suecia y escapar de la Gestapo.. 

La última y única carta de Companys que Carme Ballester recibió de él le dio a “la razón de vivir”.La entrega al gobierno del general Franco a cargo del policía español Pedro Urraca Renduelles se hizo a través de la frontera de Irún. Los veteranos vascos de Iparralde fueron a Hendaia, por si había algo que hacer y tuvieron oportunidad de ver a Companys esposado y custodiado por soldados alemanes con uniforme del SS y casco. Estaban ellos en la estación inermes sin poder hacer nada. Companys lucía mortalmentre pálido atado a la espalda por esposas o cuerda. Había sido interrogado largamente por la Gestapo en la cárcel de Paris, pero al parecer no le habían pegado pues no le dejado huellas físicas evidentes. 

Trasladado de Hendaia a la Dirección General de Seguridad en Madrid, permaneció allí en los sótanos, hasta el 3 de octubre de 1940, siendo pateado y torturado. El saludo invariable de los policías españoles que entraban en su celda, dos patadas, dos bofeteadas, un insulto y un !Viva España!. Desde ahí fue enviado al castillo de Montjuic, que servía de prisión. Allí fue juzgado en consejo de guerra el 14 de octubre. Como había sido juzgado en rebeldía en aplicación retroactiva de la Ley de Responsabilidades Políticas por un tribunal especial de Barcelona, y condenado sólo fue juzgado y sentenciado por “Auxilio a la rebelión”, en una jornada relámpago por un tribunal militar sumarísimo sin garantías. Tras un paréntesis que duró unas cuatro horas, fue sentenciado a morir fusilado. 

El dictador Franco dio el «enterado», sin leer siquiera la sentencia, y se sabe que ordenó su ejecución inmediata “sin publicidad”, por lo que el fusilamiento tuvo lugar al alba del día siguiente, 15 de octubre de 1940, en el foso de santa Eulalia del castillo de Montjuic. No quiso que se le pusiera una venda en los ojos y murió diciendo: «Per Catalunya!» («¡Por Cataluña!»).

El testamento político.

“Perdono a todos a quienes haya podido agraviar. Si he de morir, moriré serenamente. No qeda tampoco en mí, ni una sombra de rencor. Daré a Dios las gracias, de no abrigar el odio.  . Daré gracias a Dios porque me halla procurado una muerte tan bella para mis ideales, Donaré gràcies a Déu de que m’hagi procurat una mort tan bella pels ideals. Ell ha volgut aquest destí, i li dec encara la gratitud d’aquesta placidesa i serenitat que m’omplen al pensar en la mort, que veig atansar-se sense temor. La meva petitesa no podia esperar una fi més digna. Per Catalunya i lo que representa de Pau, Justícia i Amor" 

En 1943, Ángel Ossorio y Gallardo, el político y abogado que le había defendido tras los hechos de Asturias en octubre de 1934 escribió "Vida y sacrificio de Companys"

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Año 2017:Un día antes de contestar al requerimiento del Gobierno central sobre la declaración de independencia, Carles Puigdemont acudio al cementerio de Montjuïc ´para unirse al homenaje y ofrenda floral al ex presidente Lluís Companys, fusilado hace 77 años.

DUrante un discurso ante la tumba del mismo, el presidente de la Generalitat afirmó que "en estas horas difíciles y a la vez esperanzadas que vive Cataluña" hay que responder a las críticas con valores cívicos y democráticos.

Puigdemont, ha renovado su compromiso con los valores que quiere mantener: "Reiterar nuestro compromiso con la paz, el civismo, la serenidad, y también la firmeza y la democracia, como inspiradores de las decisiones que hemos de tomar" 

Junto al presidente catalán, asistieron al acto entre otros, la alcaldesa de Barcelona Ada Colau y la presidenta del Parlament, Carme Forcadell quien recordó: "El Estado todavía no ha pedido perdón por el asesinato de Companys, el único presidente en toda Europa asesinado por el fascismo" y la sociedad catalana "no puede ni quiere olvidar la historia".

"Este 15 de octubre 2017se celebra con más dignidad porque se ha hecho justicia, porque el Parlamento de Cataluña aprobó el pasado mes de junio la ley de reparación de víctimas del franquismo",   afirmó Forcadell. Y añadió que esta ley "anulaba todos los consejos de guerra de esta época y reparaba históricamente a quienes se sometieron a estas injusticias, más de 65.000 personas".

La coordinadora general del PDeCAT, Marta Pascal, en el mismo acto defendió que Puigdemont "se expresó en unos términos muy claros" en el Parlament, y que su mensaje no tiene equívocos, con una apuesta muy clara de mantener el compromiso del 1 de octubre y de que los resultados del referéndum se puedan implementar, ha dicho. De todos modos, no ha querido adelantar qué es lo que ha respondido. 

La diputada de la CUP en el Parlament Gabriela Serra también ha asistido al homenaje a Companys en el Fossar de la Pedrera, donde preguntada por las declaraciones del dirigente del PP Pablo Casado, que hace unos días dijo que Puigdemont podría acabar como Companys, Serra ha asegurado: "No tendremos nuevamente un presidente con los pies descalzos y los ojos abiertos diciendo 'viva Cataluña y viva la República' ante un paredón. Eso no lo veremos, lo impediremos" Por otra parte, Serra ha insistido en que "la CUP pide, suplica y exige un pleno extraordinario en el que se declare la República, que es lo que nuestro pueblo decidió mayoritariamente en el referéndum del pasado 1 de octubre",